Некий Магический Индекс - чудо Эндимиона

В Академия-сити завершают строительство космического лифта под названием Эндимион, и вокруг этого проекта завязываются напряжённые события. Камидзе Тома сталкивается с загадочной девушкой нулевого уровня по имени Наго Ариса, чьё аппетитное равенство с Индекс поражает окружение. Когда троица наслаждается заслуженным отдыхом после учёбы, на них внезапно нападают маги Стейл с целью Арисы. Неясно, зачем магам нужен эспер нулевого уровня, и чем эта девушка может угрожать обеим сторонам конфликта.

По мере развития событий Стейл раскрывает, что Наго Ариса может стать ключом к самой войне между магией и наукой. Обстановка накаляется: силы магии и науки стремятся использовать девушку в своих целях, а у главных героев остаётся задача разобраться в мотивах нападавших и защитить Арису от воздействия сторон. В центре истории — загадка роли нулевого уровня и влияние этого человека на баланс сил вокруг Эндимиона.